백제문화의 유풍을 되살리고 민족문화의 중흥을 다짐하는 취지에서, 1955년 부여군민이 민간 주도로 부여 부소산성에 제단을 설치하여 백제 3충신인 성충(成忠), 흥수(興首), 계백(階伯)에게 제향하고, 낙화암 아래 백마강(금강)에서 수륙제를 열면서 시작되었다. 1957년 삼충사(三忠祠)를 건립하고 제향하였으며, 1965년 도 주최로 이양된 뒤 규모가 커졌으며, 공주시에서도 백제의 전성기인 문주왕, 삼근왕, 동성왕,무령왕 을 추모하는 제례가 공주향교 집전으로 해마다 열리고 있었다. 그러던 중에 부여의 백제문화제(당시 명칭:백제대제)가 종합축제화되는 데 자극받아, 1967년부터 백제문화제로 명칭을 바꾸어 종합문화축제로 변경·개최하였다. 1974년부터는 공주와 부여 외에 대전에서도 함께 거행하였으나, 1979년부터는 대전을 제외하고 공주와 부여에서 홀수년과 짝수년에 번갈아 실시하다 2007년부터 공주와 부여에서 동시에 열기로 했다.